Что проверяет СЭС в школе, к каким вопросам нужно быть готовым, что нужно подготовить в классе для проверки?

Санитарные правила и нормы СанПиНа.
Вернее, их соблюдение.

А сами нормы Вы легко найдете в интернете либо можете почитать здесь:
http://www.epidemiolog.ru/law/san/