в 2012г. выплату производила 5500 на работника. какую сумму указать в договоре, если район. коэффициент 15%

Если этот оклад только лишь для отчетности, а остальную сумму платите черным налом, то можно эту сумму оставить или установить оклад в размере 4530-4600 руб. Этого будет достаточно, чтобы не нарушать закон, т. к. МРОТ равен в настоящее время 5205 руб.