Поменял прокладку гбц после чего двигатель работает тяжело и только на больших оборотах, и греется ваз 21099?

Зажигание позднее.

Проверь установку по меткам ГРМ. Выстави момент зажигания. (если карб)
На инжекторной, проверяй ГРМ и смотри, правильно ли установлен шкив КВ (задающий диск)

порверь ремень грм-правильно выставь по меткам

скорее всего пробой газов в водяную рубашку. придется опять снять головку и притереть ее.
Да, и еще при установке гбц делай правильно протяжку болтов