Почему в японском языке очень много отличий в произношении слов и написании иероглифов? Одно слово звучит по-разному?

Потому что у них есть что различать.

потому что они пользуются китайскими иероглифами. сам знак имеет название одно (китайское) а произносится по японски (и имеет значение) другое.