ИП НА УСН СТРОИТЕЛЬСТВО. Заказчик ООО требует выставить счет за работу с НДС, как быть?

Так вроде ИП не может по УСН когда у него Строительная тема

Для начала - счет не является основанием для начисления НДС. Далее - Вы конечно можете выставить акт об оказанных услугах подрядных и счет- фактуру с НДС, но ,,,тогда Вам придется подать декларацию по НДС и заплатить его в бюджет в полной мере. Но это будет не правильно! Посему почитайте внимательно главу НК про налоги, которые не платят в УСН и корректно объясните своему заказчику, что это невозможно и черевато проблемами при проверках для обеих сторон.

Ну во первых такие вопросы с заказчиком надо сразу обсуждать. Во вторых при заключения договора необходимо указывать ссылку на 26 ст НК РФ. А теперь вы должны выдать ему те документы, которые соответствуют вашему налогообложению.