что будет с квартирой если она не приватизирована и люди прописанные в ней будут в местах заключения

Вопрос спорный.
Постановление Правительства РФ от 17 июля 1995 г. N 713 "Об утверждении Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации и перечня должностных лиц, ответственных за регистрацию" (с изменениями и дополнениями)
31. Снятие гражданина с регистрационного учета по месту жительства производится органами регистрационного учета в случае:
в) осуждения к лишению свободы - на основании вступившего в законную силу приговора суда;
32. При снятии граждан с регистрационного учета по месту жительства по основаниям, предусмотренным подпунктами "в", соответствующие документы могут быть представлены заинтересованными физическими и юридическими лицами. Т. е. муниципалитетом.

А вот куда и как прописаться по освобождению - не ясно...

Ничего не будет. Они же прописаны там.

а что, вас сняли с регистрации? если вас отказываются регистрировать и если квартира не приватизирована, то через суд. В соответствии с Постановлением Конституционного Суда РФ от 23 июня 1995 г. N 8-П и ст. 60 ЖК РСФСР - Жилое помещение сохраняется за временно отсутствующими гражданами на более длительный срок в случаях:
1) в связи с осуждением к лишению свободы. ну а если так и остались зарегистрированными, то ничего не будет. квартира не убежит