в очередной отпуск ушла с 16.06.12, а в декретный-с 10.07.12, должны ли были выплатить отпускные полностью?

за тот период, который вы отгуляли

Отпуск Вы на сколько дней брали? На 28? - значит оплачивается 28 дней, потом, находясь в отпуске, вы уходите на больничный на 140 дней, после больничного "догуливаете" отпуск.
Отпускные должныы были оплатить до отпуска, расчет производится согласно заявления без учета больничного.
Если отпуск брали не полностью, то и оплатят по фактическому количеству дней в отпуске.