Фирма зарегистрирована в Москве, а фактический адрес в МО, какова отчетность и куда сдавать?

По месту регистрации

отчетность от места ведения деятельности не зависит.. .
она зависит от системы налогообложения
в МО у вас должно быть открыто ОП...