почему Родительный падеж в немецком языке употребляется очень редко ?

Потому что не так часто нужно демонстрировать принадлежность.

затрудняются выбрать - то ли родительный 1, то ли родительный 2

значительно проще использовать Dativ:
die Freundin der meinen Schwester- Genitiv
die Freundin von meiner Schwester- Dativ.
Большинство немецкоговорящих выражаются так.

это смотря в какой речи.
Многим в простонародье намного легче сказать грамматически неправильное предложение, чем пытаться составить стилистически и грамматически красивое предложение (просто иногда звучит немного "высокопарно" при простом общении) .
Не все предлоги, которые "требуют" после себя родительный падеж используются в разговорной речи, заменяются на такие, которые сочетаются одинаково с Dativ.
В официальном немецком языке Genitiv используется часто.