как в тотал коммандере удалять вирусы (в том числе и скрытые)?

а в тотал коммандере напротив файла пишет "вирус"?

Так же как в эксполорере - никак.

В Тотале - Конфигурация - Настройка.. .-слева Содержимое панелей - справа ставьте первую галку (Показывать скрытые файлы... ) - ОК
Будут видны скрытые файлы.
удаление минуя Корзину - Shift+Delete.
______
Но лучше всё таки скачайте Kaspersky Rescue Disk.