Есть несколько вариантов и нюансов. Во- первых вокал и гитару не имеет смысла записывать в стерео формате - используется в 2 раза больше ресурсов.
Надо записать по очереди 2 моно трека при этом на 1 треке выбрать вход левого канала, а на 2-м вход правого канала. Также они и звучать будут в разных каналах. На внешней карте это делается элементарно - воткнуть микрофон в левый вход, а потом в правый. Для встроенной карты чуть сложнее - просто надо разобраться со входами.
Для одновременной записи нужна карта с 2-мя входами и 2 микрофона!
Если б ты сообщил какие у тебя карта и микрофон, ответил бы конкретнее.
Советую хороший сайт по работе в АА - http://www.auditionrich.com/