почему при запуске skype появляется skype но без логина и пароля а в трее значок показывает не в сети. что делать?

Потому что так и должно быть изначально, пользователь авторизируется и может указать автоматический вход в дальнейшем.

Не выходи из него, а просто нажми на крестик, чтобы закрыть окно.