Посоветуйте через какого туроператора лучше поехать в тур по маршруту Вена-Мюнхен по ж/д.

Посмотрите фирму ДеВизу. В Москве работает. У них есть маршруты по железке.

А сами не хотите организовать себе отдых в разы дешевле все будет. Билет из Вены до Мюнхена на скоростном поезде будет стоить 49 евро. Или даже дешевле. Бронируйте отели, открывайте визу и вперед. Удачи.