У вас ведь национальная виза тип Д, если вы на 4 месяца на работу?
Национальная виза любой страны, входящей в Шенген, позволяет обладателю данной визы с апреля 2010 года до 90 дней находиться на территории любого другого государства, входящего в Шенген.
В Германии (как и в любой другой стране) на паспортном контроле могут развернуть кого угодно -- решение о въезде в любом случае принимает пограничник в будке.
Если убедите пограничную службу Германии, что Вы транзитом, предоставите билеты и контракт, то должно быть все нормально.
Мой начальник с национальной визой Д (Чехия) ездил через Германию (на выходные из Москвы на Октоберфест, а оттуда -- в Чехию) , ничего, пропустили.