Может ли гражданин РФ, имея визу в Германию, вылететь из Москвы в Стокгольм?

Вылететь гражданин может куда угодно - был бы билет.
А вот решение о том, пропускать ли человека через паспортный контроль на территорию страны принимает офицер паспортной службы в аэропорту прилёта. И, если ему что-то не понравится, имеет полное право не пустить Вас как с немецкой, так и с "родной" шведской визой.
А если Вы ему понравитесь, то может и вообще без наличия визы в паспорте пропустить, если находит для этого другие основания.
Никакого закона, ограничивающего или определяющего порядок посещения стран Шенгенского сообщества нет. Просто есть общие рекомендации, чтобы страна, выдавшая визу, была логичным ключевым звеном в цепочке Ваших перемещений (либо первый въезд, либо выезд, либо максимальное по продолжительности пребывание и. т. п)

Если по этой визе уже один раз ездили в Германия, то есть, если это - мультивиза, то можно. Иначе надо рулить через Германию. А то потом не дадут больше. Немцы очень придираются к документам, на себе проверял.

Конечно может - никто на границе его не остановит при наличии шенгенской визы, но могут возникнуть проблемы при повторном получении визы в Германию.

Чем слушать здешние гадания позвонили ли бы в консульство Швеции и точно узнали.

если это туристическая шенгенская виза - то проблем вообще не будет.
если виза гостевая или бизнес, но без подтверждения деловых встреч в швеции - могут и докопаться.

Может