Можно ли улететь из Москвы в Германию, имея визу в Швейцарию.?

Проблем у вас не будет. Вполне логично, что вы едете в Швейцарию через Германию. Сама я так летала через Мюнхен в Цюрих много раз. Так дешевле. Учтите что в Германии на паспортом контроле потребуют обратные билеты и подтверждение проживания в Швейцарии (если виза стоит Швейцарская) . Правила первого въезда не существует вообще - главное, это количество дней, проведенных в стране. Я по испанской визе летала через Германию тоже - и ни кого не волновало это.

В Германию дают Шенгенскую визу, а вот в Швейцарию, мне кажется, нет!

Если у вас тур. виза в Швейцарию и вы уже воспользовались "правом первого въезда" (то есть уже съездили в Швейцарию по ней один раз) , то можно.

Здесь подробно о правилах въезда: http://www.travel.ru/formalities/visa/shengen_faq.html#2

Швейцария дает шенгенскую визу (у меня дочка сейчас в Швейцарии, сегодня поехала во Францию в гости) . Так, что лететь через Германию можно. Но учтите, что получив шенгенскую визу в Швейцарии Вы либо должны въехать на территорию шенгенской зоны через Швейцарию либо провести на ее территории большую часть времени. Иначе могут возникнуть проблемы при получении следующей шенгенской визы.

Можно. Я недавно летала в Прагу с итальянской визой, никто ничего не сказал. Сейчас без проблем снова получила итальянскую визу, лечу в Италию через Амстердам.
Швейцария входит в шенгенскую зону.

Если это ваша первая виза и является туристической то пересечение швейцарской границе обязательно иначе возможны в дальнейшем проблемы при получении визы вторично.

Щвейцария не входит в ЕС, но входит в Шенген, как и Германия, так что можно.