вправе ли инспектор ГИБДД не ставить на учет без идентификационного номер на фургоне МАЗ?

Не заморачиваться надо на расспросы здесь, а требовать письменный отказ в регистрации. Это Ваше законное право. И тогда, сопоставив ссылки на пункты и статьи Правил регистрации, Вы сможете подать жалобу или убедиться в правоте инспектора.