если ехать на автобусе в Краснодар, есть ли там по месту прибытия таможня? и будут ли они проверять?

откуда ехать? если из России - то нет, Краснодар в РФ находится, стыдно не знать

Пограничный и таможенный контроль на сухопутных маршрутах выполняется не на конечных, а при пересечении границы. Последняя граница перед Краснодаром - украинская, либо Керчь - Порт - Кавказ, либо где-то перед Таганрогом.
Пограничники будут проверять документы, миграционные карточки. Если человек откуда-то издалека, из страны, с которой установлен визовый режим, тогда проверят наличие действующей визы. А то в Украину гражданам ЕС въезд теперь проще, чем в Россию, но на российской границе визу проверят.

Смотря откуда ехать.

Автобусы в Краснодар (точнее в Сочи) насколько я знаю ходят из-за границы только из Украины и Молдовы.
Автобусы по России идут как и весь транспорт без пограничного контроля.
Может только на стационарном посту остановить и проверить. Но это редкость!