подскажите как сделать 2 диска и с FAT32 и с NTFS

2 раздела делаются или при установке, или потом Acronis*ом. А форматируется каждый раздел отдельно, при этом выбирается, в какую ФС. Можно в Акронис при создании раздела сразу указать на форматирование в нужную ФС.