Имеет ли право ПФР РФ отказать в выдаче справки для закрытия ИП, если взносы оплачены, но не оплачены пени?

Вы отстали от скорости жизни. По новым правилам никакой справки от ПФР в налоговую не нужно. Главное, заполните заявление по форме P26001, УПЛАТИТЕ ПОШЛИНУ 160 РУБ и через неделю, как говорится, гуляй... Вася.... Только сдайте отчеты. Все долги в пенсионный фонд, налоговую инспекцию, контрагентам будете платить как просто физическое лицо.