какие религиозные проблемы в России?

Наиболее очевидны две проблемы
1) Рост количества исламских экстремистов, ваххабитов, салафитов (В том числе русских по национальности)
Это общемировой процесс, в России весьма активно поддерживается финансово и пропагандистски - обучение имамов исламу за рубежом, в салафитских медресе и многочисленные интернет сайты.
Это выливается в убийства и теракты
2) Политическая компания против православия и РПЦ.
Началась после того, как патриарх Кирилл призвал православных верующих ходить по выходным в церкви, а не белоленточные болотные митинги. А как известно лидеры и спонсоры белоленточной оппозиции в основном евреи. Отсюда и организация разных акций типа этих шалав из Pussy Riot, спиливания крестов поддерживаемая спонсорами и политиками-евреями (Немцов, С. Белковский, Ольга Романова и т д) , а так же еврейскими СМИ (Эхо Москвы, Дождь, Новая Газета) и интернет ресурсами