как быть с главной книгой?

Начните с налогового учёта. , всё проверьте и приведите в соответствие, это главное. Если ошибки по прошлому году, то подайте уточнённые декларации.
Затем перейдите к бухгалтерской отчётности. Баланс не ломайте, остатки по отчётности на 1 января 2013 пусть будут такими, как подали на конец года 2012.
В бухгалтерском учете исправьте выявленные неточности, по ним напишите бухгалтерскую справку, дайте этим годом исправительные проводки.