Можно ли отнести "Собачье сердце" к фантастике, а "Мастера и Маргариту" к мистике?

Русская классика.

Если не знать этих произведений, то да.

"Собачье сердце" не совсем фантастика. А если и фантастика то редкой разновидности: политический памфет! Тут и злой юмор и высмеивание отрицательных сторон советской действительности. В общем здесь скорее политический памфлет, чем чисто научная фантастика с упором на биологию каковой например является "Геном" Лукяненко (то же к стати врач по образованию) .
Вот братья Стругацие когда то же хотели показать все гадости советского строя эзоповским языком это зашифровали в "Обитаемом острове"... да так хорошо, что ни кто до сих пор и не понял что они хотели сказать и четко относят его произведение к научной космической фантастике, раздел боевик!
"Мастер и Маргарита" - это конечно стиль фэнтэзи, то же очень своеобразный. То же с попыткой критики существующего строя и обычаев. То есть политическая подоплека есть. Так что не совсем это мистика в чистом виде как у Стивена Кинга

Можно все.