Когда я втыкаю флешку в ноутбук всплывает это сообщение (смотрите скриншот) . Как его убрать, чтобы оно не появлялось?

просто один раз выберите "проверить и исправить ошибки" Если после этого продолжиться эта же хрень, скопируйте все файлы с флешки на жёсткий диск, отформатируйте флешку, и снова запишите на неё файлы с жёсткого диска. Проблема уйдёт.