Унитарное государство. Могут быть в унитарном государстве органы местного самоуправления?

Да. И ещё какие!
Как бы не были США «соединёнными» , но это унитарное государство без права выхода из его состава. И в то же время на низовом уровне там существует широчайшее самоуправление.
Но лишь до определённого уровня, когда вступает в действие цензовая система ограничений. Так на определённом уровне ограничиваются уже и гражданские права, как например с выборами Главы государства, когда граждане такого права лишены по Конституции.
Поэтому унитарному государству местное самоуправление не страшно, если его полномочия ограничены и в унитарных государствах оно присутствует.