какой корень в слове комиссар

комиссия - комиссован-комиссар-комиссионный, комиссариат.
корень комисс - слово не русское, посмотри еще в интернете.
Вообще это чиновник, выполняющий полицейские функции (19 век Европа), военный комиссар (до1942 года)