Как будет звучать на немецком должность заместитель начальника станции диагностики?

оберштурмбанфюрер диагностики

Смотря для чего Вам перевод. Просто *слово в слово* - Vertreter vom Chef /Leiter/ der Diagnostikstation.

Но если Вам, скажем, для лебенслауфа в Германии, то тут я совсем не уверена, что Diagnostikstation в Германии- это то же самое, что станция диагностики в России.. . Вы к тому же и область деятельности не указали...