Не оплатили очередную медицинскую комиссию ссылаясь, что просрочил окончание комиссии на один день - работаю на РЖД

В каком смысле не оплатили? Время не засчитали как рабочее или не возместили затраты? Платить вы сами ничего не должны, у вас же свои поликлиники.
А по поводу оплаты времени обратитесь в профком, пусть наведут порядок. Никаких просрочек там нет, комиссия проходится до декабря. Мало ли чего врачам вздумается, очень многих напраляют на дообследования.