Если верить книгам по вселенной Звёздных Войн, у ситхов есть способность маскироваться и вроде бы даже менять свой облик, чтобы быть незамеченными джедаями. Этим же объясняется и то, почему Куай-Гон не почувствовал Дарта Мола на Татуине в первом эпизоде, и способность Палпатина/Сидиуса изменять свою внешность.
К слову, если верить книге "Месть ситхов", написанной по мотивам третьего эпизода, джедаи смогли отследить Сидиуса до покоев Верховного Канцлера и пришли к выводу, что ситх находится в окружении Палпатина. С учётом этого становится понятно, почему джедаи не доверяли канцлеру и поручили Энакину докладывать им о его действиях. Но они слишком верили в Республику, чтобы осмелиться предположить, что её правитель - ситх.
Узнали в третем эпизоде