объясните, почему в одних случаях разница во времени прибавлялась, а в других отнималась от времени в данном пункте?

ЭЭЭ? !

Ты про зимнее и летнее время?

Или например почему Самарская обл. находится в часовом поясе +4 ГМТ, а время как в Москве +3???

Ну в любом случае ответ такой: "так удобнее". Утром идти на работу светлее, а летом день дольше. А в остальных случаях, любой субьект РФ сам решает для себя какой + к ГМТ им выбрать.