основная проблема синтеза белков - это собственно их синтез. Дело в том, что белки представляют собой не просто определенную последовательность остатков аминокислот. Не менее важна и вторичная структура (то бишь положение в пространстве этой цепи) и третичная и четвертичная. При простом синтезе по типу "голова к хвосту" нужная самоорганизация практически никогда не наблюдается - белок денатурирует уже в процессе синтеза. Правильной аминокислотной последовательности добится не так сложно, намного сложнее при этом получить белок ФУНКЦИОНИРУЮЩИЙ. А функциональность их (по крайней мере, в плане биоактивности) проявляется в очень узком интервале значений параметров внешней среды. Это как на этапе у зэков - градус выше - термическая денатурация, градус ниже - коагуляция, миллимолем солей на литр больше - опять же изменение третичной структуры итп. А вот синтез белков как раз и удобнее проводить в достаточно жестких условиях.
В этом и основная проблема.