Внутренние районы всех крупных островов являются гористыми: для Явы и Суматры характерны прямолинейные сплошные горные хребты практически по всей длине острова, для Сулавеси и индонезийских территорий Калимантана и Новой Гвинеи — более сложные конфигурации горных систем. Самая высокая вершина Индонезии (она же — самая высокая вершина Океании) — гора Пунчак-Джая (4884 м) , расположенная в западной части Новой Гвинеи. Наибольшие по площади равнинные территории имеются на Калимантане.
Реки в большинстве регионов образуют густую сеть и, как правило, полноводны круглый год, хотя сезонные колебания дебета бывают заметны. Наиболее длинные и полноводные протекают на Калимантане: Капуас (1143 км) , Махакам (920 км) , Барито (900 км) . Эти и другие реки на гористых участках местности образуют пороги и водопады. Русла равнинных рек на многих участках имеют непостоянные очертания вследствие обильного отложения наносов.
Самое большое озеро — Тоба в северной части острова Суматра (около 1145 км²), которое является крупнейшим вулканическим озером планеты и, имея глубину более 500 м, принадлежит к числу наиболее глубоководных озёр мира.
Примерно на 80 % территории Индонезии преобладают красно-жёлтые латеритные и горные латеритные почвы, в равнинных районах Калимантана и Суматры распространены также тропические болотные почвы, в западной части острова Новая Гвинея — латеритные глеевые почвы. На ряде островов юго-восточной части страны имеются красные латеритные почвы.