почему не ставят на учёт 2 цветную машину

потому, что у них такая инструкция есть

если один из цветов преобладает более 50% то машину должны зарегистрировать указав в документах этот цвет

Да ты хоть надпись ДПС закрась. Если у ментов стырил, то всё можно?

Регистрируют, пишут преобладающий цвет