В справке по месту работу для бывшей сотруднице указывать в скобках девичью фамилию, если она была оформлена под ней?

не надо, достаточно Основания (т. е. свидетельства о браке или ...) Менять фамилию не запрещается законом неограниченное количество раз в связи по разным основаниям. Она у вас 20 раз поменяет фамилию пока работает, вы все 20 фамилий в скобках указывать будете? ) Пусть сама доказывает, что она не Петрова, а Сидорова на основании ____________.