Можно ли делать восстановление прошивки на Iphone 4 (через айтюнс) , если на этом телефоне сделан джейлбрейк?

Можно. нельзя только сбрасывать до стандартный настроек через меню телефона.

При восстановлении стирается ВСЁ и джейл нужно будет устанавливать снова.