Можно ли оформить доверенность на жену на оформление пенсии через капитана судна?

Заверять документы могут Нотариусы, главврачи больниц, командиры воинских частей, капитаны кораблей, начальники тюрем.

В вашем случае может. Конечно при условии что вы пассажир или член экипажа данного судна.