Если устанавливать пакет обновления 3 (SP3) на XP будет форматироваться жесткий диск?

Нет.
Но места на жёстком ( диск С ) займёт очень много - в пределах одного гегобайта.
И после установки пакета возможно у системы будет очень много не критических ошибок.

Лучше сразу ставить ХР сервис пак 3