В Sony Vegas Pro 11.0 мигает изображение (на долю секунды черный экран) сохраненного видео.

Как просчитывали видео? Сколько FPS? Какое разрешение кадра и Битрейт? Лучший вариант - просчитывать готовое виде с теми же настройками как и у сходника.
Просчитывайте кадры без сжатия и потом только в Adobe Media Encoder или Any DVD Converter Professional