Многолетний опыт использования линейно-функциональных структур управления показал, что они наиболее эффективны там, где аппарат управления выполняет рутинные, часто повторяющиеся и редко меняющиеся задачи и функции. Их достоинства проявляются в управлении небольшими предприятиями, а также организациями с массовым или крупносерийным типом производства. Если компания работает не только на внутреннем, но и на международном рынке, эта структура может быть полезной только в случае однородности требований к продукту и технологии его изготовления на всех видах рынка. Если же спрос на разных рынках различен, структура неэффективна.
Существенным препятствием к эффективному использованию этой структуры является то, что она не позволяет быстро реагировать на изменения в области науки и техники, которые чаще всего приводят к «разбалансировке» отношений между функциональными подсистемами. Положение усугубляется утратой гибкости во взаимоотношениях работников аппарата управления из-за высокого уровня формализации, органически свойственной данной структуре. Результатом является замедление и сложности с передачей информации, а это приводит к снижению скорости принятия решений. Необходимость согласования действий разных функциональных служб резко увеличивает объем работы руководителя организации и его заместителей.
Недостатки линейно-функциональной структуры управления на практике усугубляются за счет таких условий хозяйствования, при которых: допускается несоответствие между ответственностью и полномочиями у руководителей разных уровней и подразделений; превышаются нормы управляемости, особенно у директоров и их заместителей; формируются нерациональные информационные потоки; чрезмерно централизуется оперативное управление производством; не учитывается специфика работы различных подразделений; отсутствуют необходимые при этом типе структуры нормативные и регламентирующие документы.