Нужна ли отметка врача и штамп в путевом листе ИП для грузового транспорта,если я сам водитель.

Обязательно! Вы что, особенный?
Еще вы должны заключить договор на проведение осмотров в ГАТИ. Не каждый врач может осуществляющих предрейсовый осмотр водителей. Врач должен иметь соответствующее разрешение. Все данные медработников, осуществляющих предрейсовый осмотр водителей занесены в комп ГАТИ.