Сколько процентов берет РЖД за внутренний билет по Украине?

Там соотношение переменное, зависит от курса валют.
Реально вы можете вычислить сами, посмотреть цену на один и тот же поезд на ticket.rzd.ru и www.e-kvytok.com.ua, и перевести по курсу гривны к рублю.
P.S. При покупке в Украине билета на поезд по России УЗ возьмет такую же наценку.