Евгений
С этим нужно обратиться к профессионалам.
Посмотрите здесь http://www.econcept.ru/ . Эта организация занимается разработкой ПО в то числе и для торговли.
Посмотрите онлайн-бухгалтерию Мое дело moedelo.org - может подойдет. Только если вы не на Общем режиме налогообложения. Он там не поддерживается.