Какая модель? Моделей, знаете ли, куча всяких. Математические и физические. Даже из шариков и палочек модели собирают. Ну вот последние точно не отражают точного строения. Точность модели зависит от её назначения. Компьютерные модели могут быть вполне достоверными по всем параметрам. Опять же, что понимается под строением молекулы? Какие параметры?
Скажем геометрическое (если можно о таком вообще говорить применительно к молекулам) строение молекулы воды вполне себе точно определяется классической моделью:
Но при этом строение с точки зрения межмолекулярных связей не описывает вообще.
Если же поставить вопрос: "Описывает ли модель реальную молекулу с идеальной точностью", то ответ - нет. Это вытекает из определения слова модель (гуглим) . Полностью идентичная реальной молекуле модель и будет этой молекулой.