почему мы говорим 1(2,3,4) года, но 5 лет

Два года -- это форма древнего двойственного числа. Три и четыре -- по аналогии. Форма "годов" тоже существует, но ведь в древности "лето" означало именно год, а не время года. "Въ лето ХХХХ... ". Только в слове "лето" стоял ять.