Имеет ли смысл поступать в более престижный вуз на заочное отделение? (ведь и там и там всё самостоятельно)

Ну-у, при прочих равных условиях работодатель, скорее всего, предпочтёт соискателя работы с дипломом более известного вуза.. .
С другой стороны, всё ведь доказывается делом. Диплом - далеко не единственная и не главная составляющая успеха.
С третьей стороны, если вуз известный, то есть надежда, что и обучение там поставлено получше, то есть учиться удобнее, приятнее...