Однозначно отказ в такой ситуации обосновать нельзя.
Более того - если ООО не зарегистрирует обособленное подразделение, то с высокой вероятностью получит штрафной привет от налоговых органов.
Пункт 2 ст. 11 НК РФ: обособленное подразделение организации - любое территориально обособленное от нее подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места. Признание обособленного подразделения организации таковым производится независимо от того, отражено или не отражено его создание в учредительных или иных организационно-распорядительных документах организации, и от полномочий, которыми наделяется указанное подразделение. При этом рабочее место считается стационарным, если оно создается на срок более одного месяца.
По вопросу регистрации обособленных подразделений именно в случае осуществления подрядных работ много судебных споров, причем с разными выводами - в зависимости от конкретных условий, в которых эти работы осуществлялись.