Характеризует ли это, уровень квалификации бухгалтера?

Конечно характеризует. Квалификация такого бухгалтера ниже плинтуса.

Если у вашей компании авансовые платежи по некоторым налогам уплачены, а декларации еще не сданы, то в справке налогового органа всегда будут указываться переплаты (на определенные даты) . По пенсионным взносам и соцотчислениям отчеты сдаются 1 раз в квартал, до их сдачи в карточке расчетов всегда указывается переплата. А по НДФЛ переплата весь год висит, а свертывает налоговая платежи только после окончания налогового периода. Если налоги платите вовремя и в полном объеме, то переплаты всегда будут видны до сдачи налоговых деклараций. Память у буха хорошая, не забывает вовремя платежки по налогам оформить. А квалификация тут при чем? Хорошую память и умение оформлять платежки имеют люди и без высшего профильного образования.

Бухгалтер все лишь выполняет свою работу, если ему начальство приказало уплатить налоги свыше начисленных, то бух никуда не денется.
Самого бухгалтера эта ситуация не характеризует как неопытного.

Если переплата в период ее работы, то нужно проверить, почему образовалась. Если было до нее, как это бывает часто, то там возврат уже не сделаешь.