Могу ли я поменять паспорт в соседнем городе? Учусь в университете и нет возможности пойти в местный мфц

Да, можно. Сдаешь документы здесь, в твой город уйдет запрос, поэтому получится немного дольше по времени. Получишь документы тоже здесь.