Как списать транспортное средство, которое висит на балансе организации, но физически было продано 2 года назад?

у вас оно висит по нулевой стоимости? просто уберите из программы

Если вы его продали, но нигде сумму выручки не показывали, то спишите это транспортное средство по акту ликвидации. Д_т 01.1 К-т 01-первоначальная стоимость, Затем списываете начисленную амортизацию Д-т 02 К-т 01.1.Если будет остаточная стоимость, т. е. первоначальная - износ, то ее относите на прочие расходы Д-т 91.2 К-т 01.1,если нет, то больше ни какие проводки не делаете. Ну и в заключении, чтобы уж точно налоговая не придиралась, оприходуйте от списания металлолом Д_т 10 К-т 91.1 сумму укажите по цене металлома, что принимают пункты. А потом через некоторое время этот металлолом можно будет списать.

Необходимо восстановить документы, подтверждающие продажу основного средства (ОС) .
И на основании справки бухгалтера отразить в бухгалтерском учете реализацию объекта ОС в текущем периоде и списание его остаточной стоимости с балансового учета.
Если эта операция влияет на налогообложение (увеличивает обязательства компании по НДС, налогу на прибыль за прошлые периоды) , то необходимо также представить в контролирующие органы уточненные декларации по НДС и налогу на прибыль за тот год, в котором фактически состоялась реализация объекта ОС. А также доплатить налоги и пени.