Если Вы имеете в виду, что Вам Ваш работодатель должен вернуть (уменьшить/пересчитать) НДФЛ, но он отказывается это делать, то да - законно, т. к. по итогам налогового периода устанавливается окончательный налоговый статус физического лица, определяющий налогообложение его доходов, полученных за налоговый период. При этом налоговым периодом признается календарный год (ст. 216 НК РФ) .
Так как Вы по окончании 2012 г. являлись нерезидентом, возместить "переплаченные" 17% работодатель не может.
Далее (из норматива) :
Налоговыми резидентами РФ признаются физические лица, фактически находящиеся в РФ не менее 183 календарных дней в течение 12 следующих подряд месяцев. Период нахождения физического лица в РФ не прерывается на периоды его выезда за пределы РФ для краткосрочного (менее шести месяцев) лечения или обучения.
Согласно п. 3 ст. 224 НК РФ налоговая ставка устанавливается в размере 30% в отношении всех доходов, получаемых физическими лицами, не являющимися налоговыми резидентами РФ, за исключением доходов, перечисленных в данном пункте ст. 224 НК РФ.
Учитывая вышеизложенное, если иностранный гражданин, выполняющий трудовые обязанности на территории РФ, является налоговым резидентом РФ, то его доход в виде заработной платы подлежит обложению НДФЛ по ставке 13%.Если данное лицо не является налоговым резидентом РФ, то его доход в виде заработной платы подлежит налогообложению по ставке 30%.В случае если иностранный гражданин, не являющийся налоговым резидентом РФ на начало налогового периода, с доходов которого удержан НДФЛ по ставке 30%, по итогам этого налогового периода находился на территории РФ более 183 дней, то он вправе обратиться в налоговый орган по месту жительства (месту пребывания) за возвратом суммы НДФЛ в связи с приобретением им статуса налогового резидента РФ в порядке, установленном п. 1.1 ст. 231 Кодекса.
Если международным договором РФ, содержащим положения, касающиеся налогообложения и сборов, установлены иные правила и нормы, чем предусмотренные НК РФ и принятыми в соответствии с ним нормативными правовыми актами о налогах и (или) сборах, то применяются правила и нормы международных договоров РФ (ст. 7 НК РФ) .
Согласно положениям ст. 15 Конвенции между Правительством РФ и Правительством РК об устранении двойного налогообложения и предотвращении уклонения от уплаты налогов на доход и капитал от 18.10.1996 вознаграждение, получаемое резидентом Казахстана в связи с выполнением трудовых обязанностей в российской организации на территории РФ, подлежит налогообложению в соответствии с законодательством РФ о налогах и сборах.
---
Путем подачи налоговой декларации формы 3-НДФЛ в ФНС РФ Вам могут "вернуть" эти 17%, т. к. в 2013 году Ваш статус поменялся (если Вы, конечно, продолжали проживать и работать на территории РФ) , но только за 2013 г. НО!!!! Пересчет налога производится только за тот год, в котором сотрудник получил статус резидента РФ (письмо Минфина России от 13.09.2012 № 03-04-06/6-277)
Например: Гражданин РК прибыл в РФ в ноябре 2012 г. При условии, что он не будет выезжать из России, статус резидента он получит в мае 2013 г. Исходя из этого в 2012 г. он был нерезидентом РФ и налог исчислялся по ставке 30%. В мае 2013 г. , после приобретения статуса резидента, организация должна пересчитать удержанный ранее налог по ставке 13%. Однако, учитывая, что это можно сделать только за тот период, в котором сотрудник получил статус резидента, организация для пересчета взяла только период с января 2013 г. по май 2013 г. включительно.
В Вашем случае (по информации, предоставленной Вами) пересчета НДФЛ за 2012 г. не будет.
За 2013 год Ваш работодатель тоже не может уже вернуть Вам "переначисленный" НДФЛ за 6 дней, т. к. налоговый год кончился. Это можете сделать только Вы сами, путем подачи декларации формы 3-НДФЛ в ФНС РФ по месту регистрации (где Вы получали ИНН).